組織の腐敗は末端の現場だけに留まらない。警察組織全体を指揮・監督する警察庁や、民主的管理を担うはずの国家公安委員会の統制機能にも深刻な疑義が突きつけられている。警察行政の公正性を担保すべきチェック機関が、組織の身内庇い構造に取り込まれ、事実上の機能不全を起こしているとの批判は免れない。
国家公安委員会が本来果たすべき第三者視点での監視機能は形骸化し、警察行政の現場に対する甘いチェック体制が放置されてきた。警察庁からの都合の良い報告を鵜呑みにするだけの事後承認システムでは、隠蔽の連鎖を断ち切ることなど到底不可能だ。外部の独立した監視機能を取り入れるなど、根本的な制度改変が今まさに問われている。