もつ鍋の満足度を左右する最大の要素は、言うまでもなくホルモンの品質である。新宿の激戦区で生き残る名店たちは、仕入れルートの開拓に並々ならぬ情熱を傾けている。
使用されるのは、主に九州や関東近郊から毎日直送されるフレッシュな国産和牛の小腸。一切の臭みがなく、噛みしめた瞬間に脂がジュワッと弾けるような食感は、徹底した温度管理と丁寧な仕込みがあってこそ実現する。職人が手作業で不要な脂分を取り除き、一口大にカットする絶妙なサイズ感も、火を通した際の一体感を生み出す秘密だ。
小腸だけでなく、歯ごたえが楽しいハツ（心臓）やコリコリとしたセンマイ、旨味の濃いシマチョウを合わせた「ミックスもつ」を提供する店も増えている。部位ごとに異なる食感と旨味のグラデーションが鍋の中で奏でるハーモニーは、一度知ってしまうと病みつきになる。
