防衛省が進める装備体系の見直しにおいても、ミサイル艇の扱いをめぐって活発な議論が交わされている。海上自衛隊が長年運用してきた「はやぶさ型ミサイル艇」は、日本屈指の俊敏性と対艦火力を誇り、日本海や東シナ海の警戒監視を長年担ってきた。しかし、艦齢の延伸限界と防空兵装の限定性という課題が表面化している。
現在推進されている防衛力整備計画では、従来の有人小型艇を単に更新するだけでなく、多目的FFM（多機能護衛艦）や無人水上艇（USV）との高度な連携を前提とした新たな運用フレームワークが構築されつつある。島嶼部を防衛するための「反撃能力」の一部として、小型高速アセットをいかに生存させ、かつ効果的に運用するかという設計思想の転換が求められている。
