ネット上のコミュニティやSNS、生活相談窓口に寄せられる体験談を検証すると、除菌シートの誤用に伴うリアルなトラブルが浮き彫りになってきます。
最も多いのが、スマートフォンや液晶画面の拭き取りによるコーティング剥離トラブルです。スマホのディスプレイ表面には指紋付着を防ぐ撥油コーティングが施されていますが、高濃度のアルコールで繰り返し拭くことでコーティングが侵食され、画面の滑りが悪化したり、ムラが発生したという報告が相次いでいます。AppleやGoogleなどの主要メーカーも、70%イソプロピルアルコールや75%エチルアルコールでの「軽い拭き取り」は許容しているものの、過度な湿潤やポート部への水分侵入には厳重な警告を発しています。
また、旅行や出張時に気になるのがアルコール除菌シートの飛行機持ち込みルールです。国土交通省航空局および航空各社（JAL、ANA等）の規定によると、アルコール度数が24%を超える消毒液などの液体類には厳格な容量制限（1容器あたり0.5Lまたは0.5kg以下、1人あたり2Lまたは2kgまで）が存在します。しかし、液体そのものではなく不織布に薬剤が染み込んでいる一般的なウェットティッシュ形状の除菌シートに関しては、液体物持ち込み制限（国際線の100ml容器・透明プラスチック袋ルール）の対象外、あるいは通常の手荷物として機内持ち込みおよび預け入れが認められる運用が一般的です。ただし、大量の業務用パックを複数持ち込む場合などは保安検査場で確認を求められることがあるため、携帯用個包装サイズを選ぶのが確実です。
