選別した卵をカビから守り、高確率で孵化へ導くための業界標準テクニックが、メチレンブルー水溶液による卵の消毒と隔離管理です。メチレンブルーには優れた殺菌・静菌作用があり、ミズカビの胞子発芽を強力に抑制します。
水溶液の作り方は極めてシンプルです。カルキを抜いた水、あるいは水道水（残留塩素自体にも初期消毒効果があるため有効）にメチレンブルー原液を滴下し、「薄い透明感のある青色（水色が透き通る程度）」に調整します。濃すぎる液色は孵化直前の稚魚に悪影響を及ぼす可能性があるため、原液の入れすぎには注意が必要です。
メチレンブルー水溶液の優れた点は、殺菌効果だけでなく「鑑別インジケーター」として機能する点にあります。生きている有精卵の細胞膜は色素を通さないため透明のままですが、死んだ無精卵は青い色素を取り込み、濃い青色に染色されます。青く染まった卵をスポイトやピンセットで1日数回チェックして吸い出すだけで、水カビの温床を完全に排除できます。
