週末や大型連休に訪れる際、真っ先に確認しなければならないのが入館方法です。現在、ミュージアムパーク茨城県自然博物館では、館内の過度な混雑を緩和して安全に見学できるよう、土曜日・日曜日・祝日および特定期間（ゴールデンウィークや夏休みのお盆期間など）において日時指定の事前予約制を導入しています。
平日は事前予約なしで当日窓口でのチケット購入が可能ですが、休日に予約なしで現地へ向かうと入場制限により入館できないリスクがあります。予約は公式ホームページ（アソビュー！の予約システム連携）から簡単に行うことができ、希望の時間枠を選択して人数分の整理券を取得する仕組みです。入場料の支払いはオンライン事前決済のほか、各種減免対象者向けに「予約のみ（現地決済）」を選択することも可能です。
週末の混雑状況を見ると、特に午前10時30分から午後1時前後が入場ゲートおよび第1展示室付近のピークとなります。ゆっくりと展示を鑑賞したい場合は、開館直後の9時30分枠を狙うか、混雑が落ち着き始める14時以降の午後枠を予約するのが賢い選択です。特に小さなお子様連れの場合は、朝一番の枠を確保しておくと駐車場も館内入口に近いスペースへスムーズに駐車できます。
