登別三愛病院の基幹を成すのは、精神科・心療内科、内科、そしてリハビリテーション科です。急性期の精神疾患治療から慢性期の精神療養、さらには高齢化に伴う認知症治療病棟まで、西胆振地域の精神医療ニーズを幅広くカバーしています。
院長をはじめとする医師紹介においても、精神保健指定医や日本精神神経学会専門医が複数在籍しており、薬物療法のみに頼らない多職種協働チーム（医師・看護師・精神保健福祉士・公認心理師・作業療法士）による包括的ケアを展開しています。特にうつ病、適応障害、統合失調症、睡眠障害、認知症に伴う行動・心理症状（BPSD）に対して、個々の生活背景に合わせた治療計画が策定されます。
また、リハビリテーション科では、広大な敷地と自然環境を活かした精神科作業療法（OT）が活発に行われています。園芸療法、手工芸、軽運動、調理実習などを通じて、日常生活動作（ADL）の維持と社会復帰へのステップを体系的にサポートしています。さらに、生活習慣病の管理や合併症予防のための一般内科診療、定期的な健康診断や人間ドックにも対応しており、心身両面からの健康維持を支える体制が整っています。
