祐徳稲荷神社は、貞享4年（1687年）、肥前鹿島藩の第3代藩主・鍋島直朝公の夫人であった萬子媛（まんこひめ）によって創建されました。萬子媛は、京都の公家・花山院定好卿の息女であり、後西天皇の皇女とも縁の深い高貴な出自です。輿入れに際して、皇室ゆかりの神殿から稲荷大神の御分霊を勧請したことが、この社の始まりと伝えられています。
萬子媛自身、後に神仏への深い信仰を貫き、自ら生入定（しょうにゅうじょう）を果たしたと伝わる清廉な人物であり、その徳を偲んで「祐徳院」と諡（おくりな）されたことから、神社名に「祐徳」の名が刻まれることとなりました。境内には萬子媛の霊を祀る「石壁社」も鎮座し、今なお篤い崇敬を集めています。
建築面における最大の見どころは、山腹の急斜面にせり出すように組まれた本殿です。地上18メートルの高さに位置し、京都の清水寺を彷彿とさせる懸造（舞台造）の構造美と、日光東照宮の流れを汲む極彩色の漆塗り・精緻な彫刻が融合した姿は、まさに九州が誇る美の極致といえます。
