佳子さまの私生活を語る上で避けて通れないのが、秋篠宮邸の改修に伴う「別居問題」と現在のお住まいをめぐる経緯です。2022年秋に総工費約30億円をかけた秋篠宮邸の本邸改修工事が完了した際、ご家族全員が本邸へ転居される予定でした。しかし、佳子さまだけは本邸に移らず、工事期間中の仮住まいだった「御仮寓所（ごかぐうしょ・現『分室』）」に私室を残し、現在も単身で生活を続けられています。
宮内庁はこの別居の理由について、工事費用の削減を目的として当初の計画を変更し、佳子さまと眞子さんの私室を本邸内に設けず分室を活用することにしたと事後的に説明しました。しかし、国民への公表が遅れたことや説明の不透明さから、当時は厳しい批判の声も上がりました。皇室担当記者は次のように分析しています。
「改修計画の変更には経費削減という側面もありましたが、実態としては佳子さまご自身の強いご希望があったと見られています。眞子さんが皇籍を離脱された後、ご両親との価値観の相違や、公私の境界線を明確にしたいという思いが、ひとり暮らしという選択につながったと考えられます」
この別居という事実は、単なる家族関係の摩擦として矮小化されるべきではありません。むしろ、「皇族としての公務を全力で担いつつも、個人の私生活と尊厳は自ら守り抜く」という強い意思表示であり、心理学でいう「健康なバウンダリー（境界線）」の確立として捉えることができます。ご両親の管理下から物理的な距離を置くことで、自由な私生活と将来の結婚に向けた準備を進められる環境を、佳子さま自ら作り出されたと言えます。
