京都トロッコ予約方法と発売日の基本ルールは、「乗車日の1ヶ月前（前月同日）の午前10時00分」からの一般販売開始です。JR西日本のインターネット予約サービス「e5489」や公式WEB予約サイト、全国のJR主要駅「みどりの窓口」にて一斉に販売されますが、人気シーズンは発売開始数分でめぼしい時間帯が埋まります。
もし事前予約が取れなかった場合でも、諦める必要はありません。現場の運行オペレーション上、当日乗車を可能にする明確な突破口が用意されています。
1. トロッコ各駅での当日乗車券の確保
嵯峨野観光鉄道では、事前予約枠とは別に当日券の販売枠を毎朝確保しています。京都トロッコ当日券購入方法として最も確実なのは、始発駅であるトロッコ嵯峨駅の窓口に朝一番（通常窓口オープンは午前8時30分頃）で並ぶルートです。
現地窓口ではその日の全便の当日券を先着順で発券するため、早朝に並べば希望の時間帯（午前発や午後発）の指定席券を確保できる確率が極めて高くなります。また、オープン車両である5号車「リッチ号」の座席や、指定席完売時にのみ発行される「立席（立ち席）券」も窓口で順次発売されます。
2. 前日・当日のキャンセル枠「戻りチケット」を狙う
団体ツアーや個人手配客が旅程変更によって手放したチケットは、乗車日の2日前から前夜、さらには当日の発車直前にかけて予約システム（e5489）上へランダムに再放出されます。「全席満席」と表示されていても、乗車前日の夜や当日の早朝に予約画面をリロードし続けることで、キャンセル分の座席を確保できるケースは珍しくありません。
