九国大付属高校を語るうえで外せないのが、全国トップクラスの実績を誇るクラブ活動の存在です。特に高校野球部は、幾度となく福岡県代表として夏の甲子園やセンバツ大会に出場し、全国にその名を轟かせています。
プロ野球（NPB）にも数多くの選手を送り出しており、卒業生には第一線で活躍するプロ野球選手や日本代表経験者が名を連ねています。また、サッカー部も全国高校サッカー選手権大会の常連校であり、バドミントン部や陸上競技部など、インターハイ上位入賞を果たすクラブが複数存在します。
こうした実績を支えるのが「トップアスリートクラス」の存在ですが、注目すべきは一般クラスの生徒と運動部員の関係性です。同校では敷地内で行き交う一般進学層とアスリート層がお互いの努力を尊重し合う文化が根付いています。メガ応援団が結成される甲子園や全国大会のスタンド応援は、学校全体の一体感を醸成する大きな契機となっています。
