クエン酸は身近なエコ洗剤として親しまれていますが、酸性物質である以上、取り扱いを誤ると深刻なトラブルを引き起こします。失敗事例として最も多いのが、「液に浸けたまま何日も放置してしまうこと」です。
酸が錆を溶かし尽くした後も浸け置きを続けると、次に金属の母材そのものを侵食し始めます。鉄がボロボロになって穴が開いたり、表面が黒く変色してザラザラになったり、強度が著しく低下する「水素脆化（ぜいか）」を引き起こす危険があります。特に精度の高い精密工具や薄い金属板は、長時間の漬け置きによって寸法が狂い、使い物にならなくなるケースが珍しくありません。
また、アルミニウムや亜鉛メッキ、真鍮（しんちゅう）などの非鉄金属にクエン酸を使用するのも禁物です。これらの金属は酸に非常に弱く、浸けた瞬間に激しく反応して黒ずみや腐食を起こすため、クエン酸による錆落としは基本的に「鉄」および「ステンレスのもらい錆」に限定して行うのが安全です。
