第一三共ヘルスケアが提供する優れた市販薬であるクロマイN軟膏ですが、抗生物質を含む第2類医薬品である以上、副作用のリスクを把握しておく必要があります。
主な副作用として報告されているのが、塗布部位における発疹・発赤、かゆみ、腫れ、水疱、乾燥感などの接触皮膚炎（かぶれ）症状です。薬を塗った後に赤みが強くなったり、強いかゆみを覚えたりした場合は、薬が肌に合っていないサインですので、すぐに洗い流して使用を中止してください。
また、過去に抗生物質やナイスタチンでアレルギー症状を起こしたことがある方は使用できません。ジュクジュクと湿潤がひどい患部や、深い傷・重度のやけどがある部位への使用も避ける必要があります。
さらに、抗生物質製剤全般に共通する問題として「薬剤耐性菌（抗生物質が効かなくなる菌）」の出現リスクが挙げられます。治った後も予防目的でダラダラと塗り続けたり、数週間にわたって連用したりすることは絶対に避けなければなりません。
