PL学園野球部の衰退を語る上で避けて通れないのが、母体であるパーフェクト リバティー教団の変遷だ。PL学園は教団の教えである「人生は芸術である」を体現するエリート育成の場として位置づけられ、野球部の活躍は信者を結束させ、教勢を拡大するための最大の広告塔でもあった。
しかし、時代の流れとともに教団信者数は減少し、財政基盤も縮小。教団上層部の代替わりに伴い、巨額の維持費がかかり、暴力問題で世間の批判を浴びる野球部を特別扱いする方針は見直されていく。2010年代に入ると指導者の招聘を巡って学校側と教団側の足並みが乱れ、監督不在のまま校長がユニフォームを着てベンチ入りする異例の事態に陥った。
そして2015年、新規部員募集の停止を発表。2016年夏の大阪大会敗退をもって休部へと追い込まれた。かつて甲子園の土を幾度も踏んだ名門は、自浄作用と教団改革の波に飲み込まれる形で、静かにグラウンドから消え去った。
