なぜオスの三毛猫はそこまで珍しいのか。その理由は、猫の毛色を決定づける遺伝子のメカニズムにあります。そもそもオスの三毛猫が生まれる遺伝的理由を理解するには、性染色体と被毛色の関係を把握しなければなりません。
猫の毛色をオレンジ（茶）にする「O（Orange）遺伝子」は、性染色体のうちX染色体の上にしか座乗しません。黒系の毛色を発現させる遺伝子とオレンジを発現させる遺伝子が同時に存在するためには、X染色体が2本（XX）必要となります。通常、メスは「XX」、オスは「XY」の性染色体を持つため、白・黒・茶の3色が揃う三毛猫は、生物学の基本原則として必然的にメスになります。
ところが、極めて稀な受精時の染色体不分離によって、本来「XY」であるはずのオスにX染色体が1本多く加わり、「XXY」という性染色体構成を持つ個体が誕生することがあります。これがヒトの医学でも知られるクラインフェルター症候群です。あるいは、受精卵が融合して生まれる「キメラ（モザイク）」と呼ばれる現象によってもオス三毛が発現します。
統計上、こうした染色体異常によって三毛猫オスの出生確率はおよそ3万分の1（約0.0033%）という天文学的な低さに跳ね上がります。しかし、この神秘的な毛色の代償は小さくありません。クラインフェルター症候群の個体は精巣が未発達となり、三毛猫オスの生殖能力と不妊の現実に直面します。つまり、ほぼ100％精子を作ることができず、一代限りで血統が途絶えてしまうため、「オスの三毛猫同士を掛け合わせて増やす」というブリーディングビジネスは遺伝的に不可能なのです。
