バフンウニとムラサキウニの最大の違いは、「見た目の形状」と「身の濃厚さ」に集約されます。外見において、バフンウニはトゲが短く密集しており、馬の糞に似ていることからその名が付きました。一方のムラサキウニは、黒紫色でトゲが長く、いわゆるウニらしいトゲトゲとしたシルエットを持っています。
市場では、身の色の鮮やかさからバフンウニ系を「赤ウニ」、ムラサキウニ系を「白ウニ」と呼び分けることが通例です。割った中身を見ると、バフンウニは艶やかな濃いオレンジ色（朱色）をしており、ムラサキウニは淡く美しい黄色（レモンイエロー）をしています。
味わいの面では、バフンウニが口に入れた瞬間に広がる「ねっとりとした濃厚な甘みと強い磯のコク」を誇るのに対し、ムラサキウニは「後味がすっきりとした上品な甘みと滑らかな舌触り」が持ち味です。鮨ネタとして一貫で圧倒的なインパクトを残すのがバフンウニなら、ウニ丼のように贅沢に大粒を頬張るのに適しているのがムラサキウニと言えます。
