発売以来、多様な進化を遂げてきた本ハードウェアだが、モデルによる仕様の違いもトラブルの原因となり得る。特にNintendo Switch(有機ELモデル)に付属するドックは、有線LAN端子が標準搭載されたことで内部の基板構成やファームウェアが従来型から刷新された。
従来型のNintendo Switch ドックを有機ELモデル本体と組み合わせたり、あるいはその逆の組み合わせで使用している場合、内部通信プロトコルの微細な不一致によって緑ランプの点滅が誘発される例が報告されている。マイニンテンドーストアなどで周辺機器を追加購入する際は、自身の所有するモデルとドックの互換性を事前にしっかり確認しておきたい。