旅行の予算や目的に応じて選べる弥栄館の宿泊料金プランは、スタンダードな和室プランから、露天風呂付き客室確約プラン、季節限定の特選牛会席プランまで多彩です。平日の標準的な宿泊料金は1泊2食付きで1名あたり2万円台前半〜、客室露天風呂付きの上位客室は3万5千円〜5万円前後が目安となります。立地と部屋食の贅沢さを考慮すると、箱根湯本エリア屈指のコストパフォーマンスを誇ります。
また、宿泊する時間が取れない多忙な方には箱根弥栄館の日帰り温泉プラン（デイユース）も選択肢に入ります。個室客室での休憩と自慢の温泉利用、プランによっては本格会席の昼食が付いた日帰りプランが提供されており、週末のプチ贅沢トリップとしても人気です。
