ゴールデンウィーク（GW）、お盆休み、シルバーウィークなどの超大型連休においては、通常キャパシティを遥かに超える来場者が殺到するため、特別な交通規制と受入体制が敷かれます。
過去の大規模連休では、海の中道海浜公園内の「大駐車場」や臨時草地エリアが開放され、マリンワールド 臨時駐車場 シャトルバスがピストン運行される運用が実施されてきました。この特別シャトルバスを利用する場合、水族館の目の前までダイレクトに送迎されるため、遠い駐車場から炎天下や雨天の中を歩く負担を大幅に軽減できます。
ただし、2026年現在の運用状況として、シャトルバスの運行有無は混雑予測規模やイベント日程（夜間特別営業「夜の水族館」など）によって流動的です。出発前日に必ず公式サイトの「お知らせ」またはニュースリリースを確認し、臨時駐車場運用の有無を把握しておく必要があります。
