本作の戦闘システムは、アクティブタイムバトル（ATB）に位置概念と連携技の要素を融合させた極めて完成度の高いものだ。特に序盤の壁となる魔王城での「魔王」戦や、終盤に立ちはだかる巨大な脅威「ラヴォス」との死闘では、闇雲なレベル上げだけでは歯が立たない。
魔王戦においては、相手の属性変化を見極めた属性攻撃の切り替えが勝利の鍵を握る。クロノの「サンダー」、マールの「アイス」、ルッカの「ファイア」を戦況に応じて叩き込みつつ、相手のバリアチェンジを誘発させる立ち回りが不可欠だ。一方、ラヴォス最終形態との決戦では、本体ではなく右腕・左腕の役割を正しく把握し、蘇生・回復役のプロテクトを最優先する堅実なパーティ構築が求められる。
