スムーズなセットアップに見えて、実は多くのユーザーが躓くポイントが存在する。第一に挙げられるのが、本人認証サービス「3Dセキュア2.0」の未設定によるチャージエラーだ。クレジットカードをApple Payに登録する際、発行元カード会社のウェブサイトで本人認証の設定を済ませていないと、nanacoへのチャージ決済が弾かれてしまう。
また、セブンカード・プラス以外のクレジットカード（MastercardやJCBブランドの一部）をApple Pay経由のチャージに利用する場合、発行元によってnanacoチャージがポイント付与対象外となっているケースが少なくない。せっかくチャージを行ってもポイントがつかなければ意味がない。さらに、1つのnanaco番号を複数のiPhoneやApple IDで共有することはシステム上不可能であり、機種変更時には必ずApple Wallet内での移行手続きを行う必要がある。
