井原鉄道の普通運賃は初乗り210円から、総社〜神辺間の全線片道で1,140円（清音〜神辺間は1,110円）となっています。高規格な高架設備を維持する地方私鉄であるため、JR幹線と比較するとキロあたりの運賃単価はやや高めに設定されています。
そこで絶対に押さえておきたいのが、土日祝日限定で販売されている乗り放題きっぷ「スーパーホリデーパス」（大人1,020円／小児510円）です。全線を片道乗り通すだけでも通常1,140円かかるため、片道乗車するだけで元が取れてしまう破格の設定となっています。途中下車して矢掛の町並みを散策したり、井原でデニムショップ巡りを楽しむ場合は、購入しない手はありません。駅窓口のほか、列車内でも運転士から直接購入が可能です。
旅行者が最も陥りやすい落とし穴が、交通系ICカード（ICOCA・Suica・PASMO等）の利用可否です。報道発表および公式案内にもある通り、井原鉄道の車内および無人駅ではICカードによる直接決済に一切対応していません。全線現金精算または専用アプリによるデジタルチケットが基本となるため、必ず小銭や千円札を財布に用意して乗車することが鉄則です。
